Im Betriebsprüfungsbericht ist die Behörde grundsätzlich verpflichtet, den entscheidungserheblichen Sachverhalt von sich aus zu erforschen und ist dabei an keinerlei Beweisregeln gebunden (§ 167 Abs 2 BAO: Die freie Beweiswürdigung). Dazu kann alles als Beweismittel herangezogen werden, was zur Feststellung geeignet und nach Lage des einzelnen Falles zweckdienlich ist. Kommt der Abgabepflichtige einem Mitwirkungsauftrag nicht (ausreichend) nach, stellt sich die Frage, ob Feststellungen in freier Beweiswürdigung festgestellt werden dürfen. Nach der Judikatur des VwGH ist die Behörde aber verpflichtet auf andere Art nach erforderlichen Nachweisen zu suchen (VwGH 13.9.1994, 94/14/0066) und darf nicht alleine deshalb das Gegenteil "in freier Beweiswürdigung" feststellen (VwGH 13.9.1994, 94/14/0066).
Sind keine Beweiserhebungen für die Behörde mehr zumutbar, so genügt die "Glaubhaftmachung" einer bestimmten Tatsache (vgl § 138 Abs 1 letzter Satz BAO), womit man einer Feststellung "in freier Beweiswürdigung" immer näher kommt. In Prozent ausgedrückt genügt hierbei wohl der Nachweis, dass die Wahrscheinlichkeit des angenommenen Sachverhalts überwiegt, dh über 50%. Erst dann darf im Abgabenverfahren von Feststellungen „in freier Beweiswürdigung“ gesprochen werden. Die Behörde hat alle Beweise unbefangen gegeneinander abzuwägen und zu begründen, warum sie gewissen Ermittlungen weniger Wert beimisst - ein pauschaler Verweis auf die Feststellung "in freier Beweiswürdigung" genügt nicht.
Freie Beweiswürdigung darf also nur geübt werden, wenn a) keine Verfahrensfehler vorliegen und wenn b) alle relevanten Beweise erhoben wurden und man die Für und Wider gegeneinander abgewogen hat. Bescheide der Abgabenbehörden oder auch Erkenntnisse des Bundesfinanzgerichts die derartige Mängel aufweisen wären wegen Rechtswidrigkeit wegen Verletzung von Verfahrensvorschriften zu bekämpfen. Bei groben Verstößen gegen die Verfahrensgrundsätze könnte das Erkenntnis wegen Willkür auch beim VfGH angefochten werden (VfSlg 12.477/1990, 15.696/1999).